Breitenlee liegt im Marchfeld und grenzt im Norden an Süßenbrunn und die niederösterreichische Gemeinde Aderklaa, im Osten an Essling, im Süden an Aspern und im Westen an Hirschstetten. Die Katastralgemeinde erstreckt sich über ein Gebiet von 1007,47 ha.
Breitenlee wurde 1160 als „Preitenle“ erstmals urkundlich erwähnt. Durch einen Schirmbrief Leopolds VI., des Glorreichen, kam das Dorf im Jahre 1200 an das Schottenstift. 1258 zählte Breitenlee bereits 28 Bauernlehen, den Zehent teilten sich der Fürstbischof von Passau, das Schottenstift, das Chorherrenstift St. Dorothea und der Landesfürst. Die Kuruzen und Türken fügten dem Dorf starke Schäden zu. 1529 wurden im Zuge der ersten Wiener Türkenbelagerung alle Einwohner von Breitenlee getötet.
Es dauert 165 Jahre, bis das Schottenstift durch den Verkauf wenig ertragbringender Güter das Dorf wieder aufbauen konnte. Schottenabt Sebastian Faber erstellte 1694 einen genauen Plan zum Wiederaufbau, wobei die Höfe im Stile der Barockzeit nach den vier Himmelsrichtungen ausgerichtet wurden und der 1698 errichtete Gutshof des Schottenstiftes den Mittelpunkt bildete. Die Breitenleer Pfarrkirche, die der Heiligen Anna gewidmet wurde, errichtete man in den Jahren 1697-99. Als einzige im Marchfeld erhielt die im ländlich-barocken Stil erbaute Kirche zehn Meter hohe Türme. 1696 wurde das Bestandswirtshaus der Schotten gegenüber der Kirche mit dem Namen Lindenhof gegründet.
Da die umliegenden Pfarren um ihre Rechte fürchteten, blieb Breitenlee lang der Pfarre Gerasdorf zugeordnet. Auf dem 1807 errichteten Kirchenfriedhof werden die Geistlichen des Schottenstiftes begraben. Im Jahre 1818 erhielt Breitenlee sein erstes Schulhaus, das 1898 ausgebaut und 1967 / 1968 neuerlich erweitert wurde.
1904 wurdeh die Gemeinden Floridsdorf, Jedlesee, Großjedlersdorf, Donaufeld, Leopoldau, Kagran, Hirschstetten, Aspern, Stadlau und Teile von Breitenlee nach Wien eingemeindet und zum neuen 21. Bezirk, Floridsdorf, zusammengefasst. 1920 wurde Wien eigenes Bundesland und zählte seither nicht mehr zu Niederösterreich.
Als Österreich an das Deutsche Reich angeschlossen wurde, trennte man im Oktober 1938 Aspern, Hirschstetten und Stadlau vom 21. Bezirk ab und bildete gemeinsam mit dem schon 1904 eingemeindeten und dem bis 1938 noch selbstständigen Teil Breitenlees, Essling, Süßenbrunn und 15 weiteren Marchfeldgemeinden den riesigen 22. Bezirk, Groß-Enzersdorf, einen Teil des neuen NS-Groß-Wien.
Nach dem Zweiten Weltkrieg kamen 15 Marchfeldgemeinden 1954 wieder an Niederösterreich zurück, die anderen Bezirksteile bildeten mit Kaisermühlen und Kagran den neuen 22. Bezirk, Donaustadt, mit gegenüber dem bisherigen 22. Bezirk stark veränderten Grenzen.
Der Breitenleer Verschiebebahnhof wurde zwischen dem nördlichen Ast und dem Marchegger Ast der Ostbahn mit Verbindung zur Nordbahn errichtet und war der größte im Raum Wien; ohne Ausfahrgleise war er rund 4 km lang und bis zu 500 m breit. Seine nordwestliche Ausfahrt bildeten eine Schleife zur Nordbahn Richtung Floridsdorf und eine zweite zur Ostbahn (dort Verkehrsstelle Breitenlee Nordabzweigung) Richtung Laa an der Thaya sowie zur Nordbahn Richtung Gänserndorf. Seine südöstliche Ausfahrt bildeten eine Schleife zum Marchegger Ast Richtung Stadlau und eine zweigleisige Schleife zum Marchegger Ast Richtung Marchegg (im Gleisdreieck die Verkehrsstelle Breitenlee Südabzweigung). Das ehemalige Bahnhofsareal stellt das wichtigste Naturbiotop, einen zusammenhängenden Komplex aus Trockenrasen, Gehölzen und naturnahen Teichen, in Wien zwischen Bisamberg und Lobau dar. Im Bereich wachsen in Österreich seltene Arten, wie der Feld-Bergfenchel (Seseli campestre) oder der Hanf-Eibisch (Althaea cannabina).
Breitenlee Verschiebebahnhof wurde zwischen 1912 und 1914 von den k.k. österreichischen Staatsbahnen (k.k.StB.) geplant. Der Bau konnte allerdings erst einige Zeit nach Ausbruch des Ersten Weltkriegs beginnen, nachdem spürbare Kapazitätsengpässe der Bahnanlagen im Wiener Raum im Zuge der Transportbewegungen bei Kriegsbeginn das k.u.k. Militär von der Notwendigkeit einer Unterstützung des Projekts überzeugt hatten. Als Ersatz für die fehlenden zivilen Arbeitskräfte erhielten die von den k.k.StB. beauftragten Bauunternehmen bis 1918 serbische, russische und italienische Kriegsgefangene als Zwangsarbeiter zugeteilt. Ab 1916 erfolgte die Inbetriebnahme einzelner Bauabschnitte. Im Ersten Weltkrieg hatte der Bahnhof große Bedeutung für Truppen- und Materialtransporte. Nach 1918 liefen die Bauarbeiten mit zivilen Kräften fast nahtlos weiter, um schließlich 1922 beim Stand eines etwa zu zwei Dritteln vollendeten Bauprojekts (erste Ausbaustufe) aus Geldmangel eingestellt zu werden. Einige Jahre später wurde der Bahnhof auch als Verschiebebahnhof wieder stillgelegt, da er wegen der unvollendeten Gleis-, Heizhaus-, Werkstätten- und Stellwerksanlagen und der reduzierten Verkehrsströme Richtung Norden und Osten nach damaligem - kurzsichtigen - Ermessen nicht wirtschaftlich betrieben werden konnte. Um 1930 begann die schrittweise Demontage der vorhandenen Gleisanlagen (zwecks Verwertung des Schienenmaterials) und Bauten; nach 1945 dienten die immer mehr reduzierten Gleisanlagen praktisch nur mehr zum Abstellen überzähliger Schienenfahrzeuge und als Anschlussgleise für einige inzwischen auf dem Areal angesiedelten Betriebe. Heute bestehen nur mehr Gleisreste, die auf Schienen nur von der Laaer Ostbahn aus erreichbar sind.
Breitenlee ist heute ein Stadtteil mit beträchtlichen Flächen für den Siedlungsbau kommender Jahrzehnte. Zudem ist Breitenlee die größte „Bauerngemeinde“ Wiens, in der auch viele aus Kagran abgesiedelte Gärtner neue Anbauflächen gefunden haben.
Die Breitenleer Straße führt westwärts zur gleichnamigen Abfahrt der Nordrand-Schnellstraße S2, die mit der Nordautobahn A5 und der Wiener Südosttangente A23 verbunden ist, und zur gleichnamigen Haltestelle der Laaer Ostbahn. Südlich des Ortes, durch die Hausfeldstraße verbunden, befindet sich die gleichnamige Haltestelle der Marchegger Ostbahn, Endstation der von der provisorischen Behelfsstation Wien Südbahnhof (Ostseite) aus über Simmering (U3) und Stadlau (Straßenbahnlinie 26) verkehrenden S-Bahn-Linie S80.
Breitenlee besitzt wie das nördlich angrenzende Süßenbrunn nach wie vor eine Freiwillige Feuerwehr; sie wurde 1880 gegründet. (Alle anderen früheren Freiwilligen Feuerwehren im Gebiet der Stadt Wien haben sich längst aufgelöst bzw. sind in der Berufsfeuerwehr Wien aufgegangen.)
