Hirschstetten grenzt in im Osten an Breitenlee, im Süden an Aspern und Stadlau und im Westen an Kagran. Die Katastralgemeinde erstreckt sich über ein Gebiet von 551,89 ha.
1158 wurde das ursprüngliche Straßendorf gegründet und war bis 1240 ein fürstliches Lehen, ein von Auen und Wasserarmen umgebenes Bauerndorf. Der damalige Name Herstetten leitete sich ab von „Stätten herent der Donau“ (Ort diesseits der Donau). In seiner Geschichte wurde der Ort oft überschwemmt und in Kriegen zerstört. Von 1713 bis 1724 wurde das barocke Schloss Hirschstetten errichtet. Am 21. und 22. Mai 1809 wurde bei der Schlacht um Aspern und Essling Hirschstetten teilweise zerstört. Das Schloss blieb jedoch unversehrt. Die Franzosenkugel erinnert heute noch an das Geschehen.
Nach dem Bau der Ostbahnäste nach Marchegg und nach Laa an der Thaya, die 1870 eröffnet wurden, und nach der ersten Donauregulierung (1870 bis 1875) siedelten sich viele Gärtner, Bauern und Arbeiter an. Der Friedhof Hirschstetten wurde 1872 geweiht.
1904 wurde das stark gewachsene Hirschstetten als Teil des neuen 21. Wiener Gemeindebezirks, Floridsdorf, in Wien eingemeindet. 1938 kam der Stadtteil zum 22. Bezirk Groß-Enzersdorf, einem Teil des neuen Groß-Wien (die Laaer Ostbahn wurde zur Bezirksgrenze 21 / 22). 1945 wurde Hirschstetten nach massivem Luftangriff großteils zerstört. Seit dem Jahr 1954 heißt der verkleinerte 22. Bezirk, zu dem der Ort weiterhin gehört, Donaustadt. Die Grenze zum 21. Bezirk rückte 1954 von Hirschstetten weit nach Nordwesten.
Hirschstetten wurde von 7. Juni 1886 bis 22. Jänner 1922 von der Dampftramway bedient, die von Floridsdorf über Kagran und Hirschstetten nach Aspern und Groß-Enzersdorf verkehrte und im Zuge der Hirschstettner Straße durch den Ort fuhr. Vom 23. Jänner 1922 bis zum 30. August 1970 verkehrten auf der Strecke die Straßenbahnlinien 217 und 317; sie wurden dann durch städtische Autobuslinien ersetzt.
Am 31. Mai 1980 wurde im Zuge des Ausbaues der S-Bahn Wien die Linie S80, die vom 2010 abgerissenen Südbahnhof (Ostseite) (derzeit durch ein Provisorium ersetzt) bis zur Ostbahn-Haltestelle Wien Erzherzog-Karl-Straße in Stadlau verkehrte, zur Haltestelle Wien Hirschstetten verlängert (Entfernung vom Südbahnhof: 13 km, Fahrzeit: 19 Minuten). Am 31. Mai 1987 erfolgte eine weitere Verlängerung der S80 auf der Marchegger Ostbahn bis zur Haltestelle Wien Hausfeldstraße. Der S-Bahn-Betrieb wird heute im 30-Minuten-Intervall angeboten.
1993 wurde die „Südosttangente“ A23, eine Stadtautobahn, von Kaisermühlen bis zur Abfahrt Hirschstetten verlängert. Von dort führte die „Wiener Nordrand Bundesstraße“ B302 weiter Richtung Norden; sie ist seit 2002 zur Nordrand-Schnellstraße S2 umgebaut und 2009 niveaufrei gemacht worden. Es bestehen Pläne, die Abfahrt Hirschstetten zu einem Knoten auszubauen und die A23 von dort zur Seestadt Aspern, einem großen Stadterweiterungsprojekt südöstlich von Hirschstetten, zu verlängern.
Die Schlosskapelle mit ihren Fresken von Daniel Gran, welche am Wohnhaus des Schlosses angebaut war, blieb trotz des Luftangriffs 1945 erhalten, und die Pfarrkirche „Maria Himmelfahrt“ wurde auf dem Grund des ehemaligen Schlosses errichtet.
Sehenswert sind die Blumengärten Hirschstetten mit dem Palmenhaus. Im Sommer erholen sich viele Anrainer der angrenzenden Gemeindesiedlungen am Badeteich Hirschstetten, auch Ziegelhofteich genannt. In der Nähe findet man auch die Koptische Kirche der Heiligen Jungfrau von Zeitoun. Im Süden von Hirschstetten steht die evangelische Bekenntniskirche.
